段祺瑞本是北洋三杰之一，再任总理以后，拒绝恢复《临时约法》，拒绝恢复曾被袁世凯解散了的国会。这就引起了一部分国会议员的不满，他们纷纷南下，与孙中山联合发起了护法运动。同时西南军阀为了反对段氏所坚持的武力统一政策，也积极响应护法运动，一时间南与北充满了反段的硝烟。这些都令段棋瑞感到头疼，但是更主要的还在于直皖之间的矛盾。
黎元洪在任时，因其原非北洋出身，所以在府院之争中大部分军人都支持段棋瑞。但是段棋瑞下台以后，围绕着对北京最高权力的争夺，北洋集团中皖系和直系之间的矛盾便立刻显现出来了。段祺瑞意图通过其所操纵的安福国会压制直系，北方直系军阀也以保定军官学校学生出身的北洋军官为主，组织了一个叫做“成城团”的组织来发动“拥冯反段”活动。
段棋瑞不希望北洋派系内部冲突、分裂。他决定拥护冯国璋为新一任的大总统。当他准备派遣一直与直系关系很好的总统府军事处副处长张馥卿前去南京征询冯国璋的意见时，段祺瑞就曾经很诚恳地说道:“馥卿，公府的情况，你是比较熟悉的，摊子烂，内外交困。现在，只有我和华甫(即冯国璋)携起手来，才有望把事情办好，可是，华甫既不愿来京，又和我分歧颇大。成城团的事大约你也知道了，其实我也不怕。我怕的是府院之争刚刚结束，又出现新的府院之争。所以我想请你到南京去一一趟，同华甫当面好好地谈一谈，看看他究竟有何打算。冯国璋也不希望北洋派系之间发生内讧。现在看到段祺瑞真心拥护自已上台，他也就决定当仁不让了。
年的7月，冯国障是怀着极其复杂的心情进人总统府的，他竭力想要避免出现新的府院之争。但是世上的事情就是那么怪，该来的事情可能无论怎样也还是要米的。就在冯国璋就任总统一职不久，在关于如何应对南方的护法运动的问题上又发生了新的府院之争。冯国璋为了巩固其刚继任的总统宝座，希望以和平方式实现南北统一;而段祺瑞依靠日本支持，依旧使用武力统基本政策。冯段之间陷人了僵局。最终，段棋瑞的国务总理职被冯国璋解除了。
但是直系势力此时还无法与皖系相抗衡，特别是在中央政府和军队中。冯国璋很巧妙地保留了段祺瑞的参战督办一职。段祺瑞极力使自己忍住，不作出什么明显的反应。但是当南方护法军将其四大金刚之-的傅良佐赶出所携势力范围时，段祺骗还是忍不住对南方宝战东9直系军队和皖系军队同时向南推迫使冯国璋在对南宣战的命令上签了子。县尔银的大将吴佩乎在进进，但是直系军队是在皖系军队前面。特别是直系售段祺瑞没有能攻湖南过程中更是一路冲锋陷阵，为北军立下了汗马功劳。吴佩孚不干够公平地实行奖赏，他把湖南的地盘给了他的亲信张敬尧。
段棋瑞害怕了。他刚刚还沉浸在前线传来的捷报当中，为其恢复国务总理一职而高兴，并且他派徐树铮和王揖唐组建的安福国会也开始初见成效，帮助他迫使冯国璋同意了在对南宣战的命令上签字。这一段时期以来，段棋瑞一直以为，他是非常顺利的，如果不出什么问题的话，大总统的位置也一定会是留给他坐的。但是没有想到半空中会突然间响起了一个霹雳。段祺瑞简直不知道该怎么办了。吴佩孚撤防北上，无疑对他所执行的武力统一政策是一个最直接而又最有力的打击。段祺瑞明白这是直系在给他施加压力。他决定把徐世昌排出来压制冯国班。安福国会的活动真的是很有效率。年9月4日，冯国璋代理总统到期，同年10月10日徐世品便极共顺利地被选举为新一任的总统。不过段棋端忘了一点，按照事前达成的协议，旧总统卸任时，国务总理也应一并谢职。